PCB-kerroksen valintaan liittyy keskeisten tekijöiden, kuten piirien monimutkaisuuden, taajuusvaatimusten, kustannusrajoitteiden ja signaalin eheyden, analysointi. Käytännön valintamenetelmiä ovat esimerkiksi nastatiheyden laskeminen ja BGA-soveltamissäännöt, mutta myös edistyneiden teknologioiden, kuten HDI (high-density interconnect) ja pinoamisen optimointi, tutkiminen.